Có hai loại kính hiển vi huỳnh quang dựa trên đường quang của chúng:
1. Kính hiển vi huỳnh quang truyền qua: Nguồn sáng kích thích được truyền qua vật liệu mẫu qua thiết bị ngưng tụ để kích thích huỳnh quang. Bộ thu ánh sáng trường tối thường được sử dụng hoặc bộ thu ánh sáng thông thường có thể được sử dụng để điều chỉnh gương phản xạ nhằm chuyển đổi ánh sáng kích thích và ánh sáng bên vào mẫu vật. Đây là một kính hiển vi huỳnh quang tương đối cũ. Ưu điểm của nó là huỳnh quang mạnh ở độ phóng đại thấp, trong khi nhược điểm của nó là huỳnh quang yếu đi khi độ phóng đại tăng. Vì vậy, tốt hơn là nên quan sát các vật liệu mẫu lớn hơn.
2. Kính hiển vi huỳnh quang chùm tia rơi Đây là loại kính hiển vi huỳnh quang mới được phát triển trong thời hiện đại. Không giống như ánh sáng kích thích trước đó, ánh sáng kích thích rơi từ thấu kính vật kính xuống bề mặt mẫu vật, sử dụng cùng một thấu kính vật kính làm tụ quang chiếu sáng và thấu kính vật kính để thu huỳnh quang. Cần phải thêm một bộ tách chùm tia màu kép vào đường dẫn quang, nằm ở góc 45 độ so với uranium ánh sáng. Ánh sáng kích thích được phản xạ vào vật kính và tập trung vào mẫu. Huỳnh quang do mẫu tạo ra, cũng như ánh sáng kích thích phản xạ từ bề mặt của thấu kính vật kính và kính che, đi vào vật kính đồng thời và quay trở lại bộ tách chùm tia lưỡng sắc, tách biệt sự kích thích và huỳnh quang. Kích thích dư sau đó được hấp thụ bởi bộ lọc chặn. Nếu sử dụng các bộ lọc kích thích/bộ tách chùm tia màu kép/bộ lọc chặn khác nhau, chúng có thể đáp ứng nhu cầu của các sản phẩm phản ứng huỳnh quang khác nhau. Ưu điểm của kính hiển vi huỳnh quang này là trường chiếu sáng tầm nhìn đồng đều, hình ảnh rõ ràng và độ phóng đại càng lớn thì huỳnh quang càng mạnh.
（2） Sử dụng kính hiển vi huỳnh quang
1. Bật nguồn sáng và đèn thủy ngân siêu cao áp cần được làm nóng trước trong vài phút để đạt đến đỉnh điểm.
2. Kính hiển vi huỳnh quang truyền qua yêu cầu lắp đặt bộ lọc kích thích cần thiết giữa nguồn đèn và tụ điện, đồng thời lắp đặt bộ lọc chặn tương ứng phía sau thấu kính vật kính. Kính hiển vi huỳnh quang chùm tia rơi cần lắp bộ lọc kích thích/bộ tách chùm tia màu kép/khối bộ lọc chặn cần thiết vào khe của đường dẫn quang.
3. Quan sát bằng kính hiển vi công suất thấp và điều chỉnh tâm của nguồn sáng theo các thiết bị điều chỉnh của các mẫu kính hiển vi huỳnh quang khác nhau, sao cho nó nằm ở trung tâm của toàn bộ điểm chiếu sáng.
4. Đặt các lát mẫu và tập trung chúng để quan sát. Trong quá trình sử dụng cần lưu ý không nên quan sát trực tiếp bộ lọc cuối cùng bằng mắt để tránh tổn thương mắt; Khi quan sát mẫu vật bằng kính hiển vi dầu, phải sử dụng kính hiển vi dầu không huỳnh quang đặc biệt; Sau khi đèn thủy ngân cao áp tắt, không thể bật lại ngay được. Cần khởi động lại sau 5 phút, nếu không sẽ hoạt động không ổn định và ảnh hưởng đến tuổi thọ của đèn thủy ngân.
（3） Quan sát dưới kính hiển vi huỳnh quang trên bục giảng dạy bằng bộ lọc ánh sáng xanh tím, có thể thấy rằng các tế bào được nhuộm bằng thuốc nhuộm huỳnh quang màu cam acridine 0,01%, nhân và tế bào chất được kích thích để tạo ra hai loại khác nhau màu huỳnh quang (xanh đậm và đỏ cam).
